Als CIA-Agent Jason Bourne (Matt Damon) mit zwei Kugeln im Rücken und einem Laserimplantat unter der Haut halbtoto aux dem Meer gefischt wird, stellt er fest, dass er sein Gedächtnis komplett verloren hat. Nach mehreren Anschlägen auf sein Leben wird ihm ziemlich schnell klar, dass er seiner wahren Herkunft auf die Spur Kommen muss, um zu überleben. Denn noch ahnt er nicht, das er sich mitten im Fadenkreuz der eigenen Organisation befindet... Mit Hilfe von Marie (Franka Pontente) startet Jason schließlich seine Suche - ständig auf der Flucht vor seinen Verfolgern. Doch auch Jason weist erstaunliche Killerinstinkte auf.